Au cours des dix premières années de son activité, le programme MERC a d'abord été basé au Caire sous la direction du bureau régional de la Fondation Ford. Durant cette période, le programme a accompagné l'itinéraire académique de plus de 153 chercheurs, en mettant à leur disposition des ressources et en leur offrant des opportunités à entreprendre des recherches dans différents domaines des sciences sociales et à explorer de nouveaux terrains, compte tenu de la spécificité régionale.  

Le programme MERC s'est consolidé au fil du temps et a élargi le champ de ses actions à toutes les sciences sociales, accumulant les expériences et améliorant sa connaissance de l'état des lieux des sciences sociales dans la région. La fondation Ford a alors estimé que le programme MERC était apte à commencer à assumer progressivement son autonomie.

Un appel a donc été lancé pour l'administration du programme. Le LCPS (Centre Libanais des Etudes Politiques) de Beyrouth a été sélectionné comme administrateur, inaugurant par là même un tournant dans l'itinéraire du programme. MERC a alors élu domicile à Beyrouth pour y résider de 1997 à 2001. Il retournera au Caire, où son administration sera confiée au Centre d'Etudes sur les Pays en Développement (CSDC) à la Faculté des Sciences Economiques et Politiques de l'Université du Caire. Laquelle a été pionnière dans le lancement du cycle d'appels à propositions, entre 2002 et 2005.

MERC est donc un programme régional de recherches allouant des bourses de recherches individuelles dont le montant n'excède pas les 35.000 $. Son comité de lecture est multidisciplinaire, composé de cinq enseignants de renommée qui se rencontrent deux fois l'an afin d'examiner les propositions de recherche, de discuter des orientations du programme et des futures actions à entreprendre. Les membres du comité y siègent pendant deux ans. Au-delà de cette période, d'autres membres sont élus de façon à assurer une meilleure représentativité territoriale et disciplinaire. Les membres travaillent sous couvert d'anonymat pendant les deux années de leur mandat. Le programme est géré par un petit secrétariat comprenant un directeur, deux assistantes et un(e) secrétaire. Lequel secrétariat est chargé de s'acquitter des tâches quotidiennes du programme et d'assurer le suivi des dossiers des postulants et des boursiers.

Les décisions de subvention sont prises de façon unanime. Les catégories de réponse peuvent être :

- Acceptation

- Workshop Grant

- Rejet

Le programme fait part aux postulants de toutes les décisions prises concernant leurs propositions, avec des commentaires détaillés qui rendent compte de la nature de la décision du comité. 

Outre le programme de bourses, MERC organise des conférences tenues par d'anciens et de nouveaux boursiers. Il organise des ateliers de formation sur des thèmes capables d'intéresser les candidats. Durant les dernières années, le programme a entrepris l'organisation d'une série de quatre ateliers en  méthodologie qui ont été vivement appréciés par la communauté des chercheurs dans la région.

En 2006, le CERES (Centre d'Etudes et de Recherches Economiques et Sociales) de Tunis a été retenu pour l'administration du programme MERC. Le cycle a démarré en Avril 2006 et a inscrit le programme dans une nouvelle phase de sa vie. Le CERES, en collaboration avec le CEMAT (Centre d'Etudes Maghrébines à Tunis), continue à entretenir le réseau de chercheurs développé par MERC et à  consolider le programme de recherches. Les deux institutions oeuvrent ainsi à combler les insuffisances des sciences sociales dans la région.

À Tunis, MERC tente d'expérimenter de nouveaux mécanismes en vue de répondre aux besoins émergents des chercheurs de la région.