خلال السنوات العشرة الأولى من حياته، تولى مكتب مؤسسة فورد بالقاهرة إدارة البرنامج  وقد ساهم خلال هذه الفترة في تشكيل المسار المهني لأكثر من 153 باحث من خلال توفير الموارد والفرص لتنفيذ الأبحاث في مختلف العلوم الاجتماعية و استطلاع المجالات  الجديدة  ذات الأهمية والصلة المباشرة  بالمنطقة العربية وتركيا.

 و على مر  الأعوام , شهد البرنامج نمواً ملحوظاً  وتوسع نطاقه ليضم كافة العلوم الاجتماعية، كما تراكمت خبراته مساهما بذلك  في دعم المعرفة في ساحة العلوم الاجتماعية بالمنطقة. لذلك، رأت مؤسسة فورد بأنه قد أصبح مؤهلاً للتوجه تدريجيا نحو الاستقلالية. في هذا السياق، تم توزيع طلب مقترحات  لإدارته وتم اختيار مركز دراسة السياسات بلبنان للتعهد بإدارته فانطلقت من هنا  مرحلة جديدة من حياة البرنامج ،واستمر عمله  من بيروت منذ 1997 وحتى عام 2001 ليعود بعدها إلى القاهرة تحت إدارة مركز دراسات الدول النامية بكلية السياسة والاقتصاد بجامعة القاهرة من سنة  2000 وحتى 2002، جدير بالملاحظة أن هذا المركز قد حصل على المرتبة الثانية بعد مركز دراسة السياسات بلبنان عند توزيع طلب المقترحات سنة 1997.

وفى سنة 2006 تم اختيار مركز البحوث الاقتصادية والاجتماعية (السيريس) بتونس لإدارة البرنامج. وتمثل الفترة التي تبدأ من أبريل/نيسان 2006 مرحلة جديدة في مسيرة برنامج بحوث الشرق الأوسط ، إذ سوف يسعى المركز بالتعاون مع مركز الدراسات المغاربة بتونس إلى الاستمرار في رعاية شبكة الباحثين  العريضة التي ساهم البرنامج  في  إرسائها و تطويرها ، و دعم برامج التدريب و البحث الأساسية التي وقع إنشاؤها بفضل هذا البرنامج والتي أثبتت نجاحها في ملأ الفراغ القائم في ساحة العلوم الاجتماعية بالمنطقة.

نظام العمل 

 بدأ البرنامج نشاطه كمسابقة أبحاث إقليمية، مقدما منحاً صغيرة (أقل من 35000 دولار للباحثين الأفراد) تبت في شأنها لجنة علمية  مكونة من خمسة باحثين مرموقي الكفاءة  ومتعددي الخلفيات المعرفية وتعقد اللجنة  اجتماعاتها مرتين سنويا للنظر في مشاريع الأبحاث و مناقشة توجهات البرنامج وخططه المستقبلية. تستمر العضوية في اللجنة عامين، يتم بعدها استبدال الأعضاء بآخرين جدد، يؤخذ بعين الاعتبار عند اختيارهم، التمثيل الجغرافي والتخصص. ولا يتم الإفصاح عن هوية أعضاء اللجنة طوال فترة عضويتهم مراعاة لمبدأ السرية.

تدير شؤون اللجنة سكرتاريا تضم  مديراً، مساعدين و سكرتيرة. و تتضمن مسئولية السكرتارية ادارة الشؤون اليومية للبرنامج والرد على استفسارات المتقدمين و الحاصلين على المنح وتنظيم فعاليات البرنامج.

 ويتم التوصل إلى قرارات تمويل المنح بالإجماع وتقع القرارات في ثلاث فئات:

·        منحة مشاركة في ورشة

·        منحة مسابقة

·        رفض

ويتم إعلام المرشحين بنتائج مداولات اللجنة بإرسال تقارير مفصلة تعكس مناقشات أعضائها.

بالإضافة إلى مسابقة البحوث، ينظم البرنامج محاضرات للمنتفعين بمنح من المرشحين القدامى و الجدد على حد سواء، كما ينظم ورشات عمل حول الموضوعات التي تتناول مجالات اهتمام الباحثين. في هذا الإطار ، و على امتداد الأعوام القليلة الماضية نظم البرنامج  عددا هاما من الورشات المنهجية التي نجحت في استقطاب  الدارسين من مختلف أرجاء المنطقة.